La principal diferencia entre Naruto y Naruto Shippuden radica en la etapa de la historia que cada una cubre y en la progresión de los personajes y la trama. Ambos animes fueron adaptados del mismo manga 'Naruto' que contó con 700 capítulos.
Naruto fue la primera adaptación y abarcó los capítulos del 1 al 238 de su manga homónimo. Se centra principalmente en las aventuras de Naruto Uzumaki y sus amigos durante su formación como ninjas en la Aldea Oculta de la Hoja. La serie sigue el viaje de Naruto para convertirse en el Hokage, el líder de la aldea, mientras enfrenta desafíos, enemigos y descubre la verdad sobre su pasado.
Naruto Shippuden es la secuela y abarcó los capítulos del 239 al 700 del manga. Tiene lugar después de un salto temporal de dos años en la historia. Aquí, Naruto regresa a la aldea después de entrenar con su mentor, Jiraiya. La trama se vuelve más oscura y compleja, centrándose en la lucha contra la organización malvada conocida como Akatsuki y en la búsqueda de Naruto para rescatar a su amigo Sasuke Uchiha.
En resumen, Naruto establece los cimientos de la historia y presenta a los personajes en sus primeras etapas de desarrollo, mientras que Naruto Shippuden lleva la narrativa a nuevas alturas con una trama más compleja, personajes más maduros y una acción épica.